Stefano Lilipaly đã chơi cho các đội tuyển trẻ của Hà Lan, từ U-15 đến U-18. Anh đủ điều kiện để thi đấu cho Hà Lan hoặc Indonesia ở cấp độ đội tuyển quốc gia thông qua cha mẹ của anh, cha là người Indonesia, còn mẹ là người Hà Lan. Lilipaly đã tuyên thệ quốc tịch Indonesia vào tháng 10 năm 2011.[1] Anh có trận ra mắt đội tuyển quốc gia vào tháng 8 năm 2013 trong chiến thắng 2–0 trước Philippines.

Lilipaly ghi bàn thắng đầu tiên cho Indonesia trong trận đấu với Singapore tại AFF Cup 2016, một bàn thắng muộn và giúp Indonesia đủ điều kiện vào bán kết cùng với Thái Lan. Lilipaly cũng là người ghi bàn mở tỷ số vào lưới Việt Nam trong trận bán kết lượt về trên sân vận động quốc gia Mỹ Đình.